El área de Chamela-Cuixmala reúne el primero y segundo criterios, es decir presenta especies de conservación nacional incluidas en la NOM oficial Mexicana. Es una región que presenta un alto número de individuos, con colonias temporales y de agregación por migración, así como cinco especies endémicas, dos migratorias, seis con un límite de distribución en la región y tres bajo una categoría de riesgo (NOM-059 Mexicana).
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Desde el punto de vista biológico, es una de las regiones más importantes del país, ya que presenta un gradiente de ambientes que va desde los muy húmedos como el manglar, hasta los secos estacionales como la selva baja. Además, esta región mantiene una alta diversidad de especies y una de las mayores concentraciones de taxa endémicos del país. La Reserva de Chamela-Cuixmala es la primera específicamente diseñada para proteger las selvas caducifolias del occidente de México.
El clima es cálido-subhúmedo de menor humedad, que se caracteriza por una temperatura media anual de 24.9 °C y una marcada estacionalidad, con periodos de lluvias (julio-octubre) y de secas (noviembre-junio) bien definidos. La precipitación promedio anual es de 748 mm en Chamela y 782 mm en Cuixmala. Más del 80% de la precipitación se presenta de julio a noviembre.
El relieve geológico del área es extremadamente complejo y determinado por procesos endógenos y exógenos. Las unidades estratigráficas que afloran en la reserva están compuestas por rocas sedimentarias, volcánicas, plutónicas y volcano-sedimentarias que datan del Mesozoico y del Cenozoico. Las unidades mesozoicas pertenecen al Cretácico y están constituidas por rocas calcáreas, ácidas y granito, que a menudo se intercalan formando secuencias volcano-sedimentarias.
La zona incluye predios de la Universidad Nacional Autónoma de México (Instituto de Biología, UNAM), Fundación Ecológica Cuixmala A. C., Universidad de Guadalajara y una porción del ejido Rincón de Ixtlán. Algunas son universidades, ONG´s y propietarios locales que están en la disposición de preservar el área.
La región localizada dentro de los terrenos de la Estación Biológica de Chamela, a cargo del Instituto de Biología de la UNAM. La zona fue decretada el 30 de diciembre de 1993 como Reserva de la Biósfera Chamela-Cuixmala. No cuenta con programas de educación, pero si se han desarrollado diferentes trabajos científicos. Finalmente las Islas de la Bahía de Chamela fueron declaradas Santuario (13 de Junio 2002), por lo que están sujetas a protección especial.