Criterio 1. El área cuenta con 13 especies que se encuentran en peligro o están amenazadas según la NOM-059. Además, presenta especies raras, como Eumops hansae, y muchas especies que cumplen un papel fundamental en la dispersión de semillas. Por lo menos ocho especies tienen el límite norte de su distribución en etsa AICOM, incluyendo Saccopteryx leptura, Noctilio albiventris, Macrophyllum macrophyllum, Trinycteris nicefori, Mimon crenulatum, Tonatia saurophila, Lichonycteris obscura, Eumops hansae.
Criterio 3. El área contiene más de 80 especies, es decir más del 60% de todas las especies que se distribuyen en el territorio Nacional en el 1.4% del área de México.
La mayor parte de la vegetación original corresponde a las selvas alta y mediana perennifolia. Sin embargo, también se encuentran otros tipos de vegetación. La selva alta perenifolia se distribuye de los 100 a los 900 msnm. Presenta tres estratos en donde los árboles más altos pueden alcanzar los 60 m o más. Algunas especies características de este tipo de vegetación presentes en el área son: Canshan (Terminalia amazonia), guapaque (Dialium guianense), ramón (Brosimum alicastrum), chicozapote (Manilkara zapota), barí (Calophyllum brasiliense), laurel (Nectandra sp.), caoba (Swietenia macrophylla), palo mulato (Bursera simaruba), tinco (Vatairea lundellii), etc.
La selva mediana perennifolia se distribuye sobre los suelos hidromórficos planos, inundables por largas temporadas, presentando una altura que oscila entre los 15 y los 25 m. Se compone de cuatro estratos. Las especies de árboles que componen los distintos estratos se encuentran: el cochimbo (Platymiscium yucatanum), tinco (Vatairea lundellii), zapote prieto (Diospyros digyna), barí (Calophyllum brasiliense), corzo (Scheelea liebmannii), tocoi (Coccoloba barbadensis), jobo (Spondias mombin), molinillo (Quararibea funebris), maculis (Tabebuia rosea), escobillo (Crysophila argentea) y chichón (Astrocaryum mexicanum).
Las sabanas se presentan con árboles dispersos formando una franja más o menos ancha entre el bosque y la selva. La composición arbórea varia según su proximidad al bosque o la selva. Los arboles característicos de esta vegetción son bajos, entre 5 y 7 m.
Los jimbales son comunidades vegetales muy densas y se encuentran en forma discontinua a lo largo de las vegas de los ríos y barrancas, en zonas casi planas y en ocasiones inundables. La especie dominante es la jimba (Bambusa longifolia).
Los bosques riparios se distribuyen en los causes de los ríos y se los puede encontrar desde los 0 a los 2000 msnm, en una topografía generalmente plana. Sus suelos son profundos con sustrato limoso. Presenta de uno a dos estratos con una altura de 20 a 40 m en su estrato superior y de 10 a 20 en el inferior.
El bosque mesófilo de montaña, al igual que el bosque de pino-encino se encuentran al noroeste del área.
Parte del área pertenece a la Comunidad Lacandona, la cual está compuesta de tres grupos indígenas, Lacandones, Choles y Tzeltales. Por otro lado, existen gran cantidad de asentamientos humanos, especialmente dentro de la zona conocida dentro de Marqués de Comillas, y otra conocida como la Zona de las Cañadas. Dentro del área se encuentran varias Áreas Naturales Protegidas reguladas por la CONANP, estas son: Reserva de la Biosfera Montes Azules, Monumento Natural Yaxchilán, MN Bonampak, APFF Chankin, Reserva de la Biosfera Lacantún, APFF Nahá y Metzabok; y una Reserva Comunal, manejada por la Comunidad Lacandona, llamada Sierra La Cojolita. Dentro de la RB Montes Azules, se encuentra la Estación Chajul, la cual esta manejada por la ONG Natura Mexicana. El Laboratorio de Ecología y Conservación de Vertebrados Terrestres del Instituto de Ecología de la UNAM ha realizado estudios y programas de conservación, participando en planes de manejo, programas de monitoreo y recuperación, y publicando frecuentemente, desde 1981. Por último, un grupo de investigadores y alumnos de diversas Instituciones pertenecientes a la UNACH, UNICH, ECOSUR y CIECO. Actualmente el Lab de Ecología y Conservación de Vertebrados Terrestres del Instituto de Ecología de la UNAM realiza diversos proyectos para evaluar el papel de los murciélagos tienderos en el mantenimiento y la regeneración de las selvas, sobre el uso de hábitat de estas especies, y muchos otros.
El Laboratorio de Ecología y Conservación de Vertebrados Terrestres del Instituto de Ecología de la UNAM y muchos otros participan en los consejos consultivos de las reservas que forman parte de la Selva Lacandona. Hoy se plantea un programa de educación y capacitación a todos los niveles. Para promover la conservación de los murciélagos y de muchos otros grupos, el propio Laboratorio de Ecología y Conservación de Vertebrados Terrestres del Instituto de Ecología de la UNAM lleva a cabo un programa de conservación de jaguares con el enfoque de especie sombrilla. Al asegurar la conservación de una población viable de jaguares, se asegura que las poblaciones de murciélagos y muchas otras especies, se protejan adecuadamente.