La región Cuenca Rio Antigua alberga poblaciones de 3 especies incluidas en la NOM 2010, Enchisthenes hartii como “de Protección Especial”, y Leptonycteris yerbabuenae y Leptonycteris nivalis, como “Amenazadas”. La zona incluye varios refugios cavernícolas con colonias de maternidad grandes (del orden de centenares de miles) de los mormoopidos Mormoops megalophylla y Pteronotus davyi, y también colonias de maternidad menos numerosas de Pteronotus parnellii y Pteronotus personatus. Estas grandes colonias tienen cumplen probablemente un servicio ecosistémico importante al impactar a las poblaciones de insectos voladores sobre las que depredan. También hay refugios con colonias de maternidad de la especie amenazada y migratoria Leptonycteris yerbabuenae. Estas colonias son las mayores conocidas en el centro del estado de Veracruz, y deben tener gran importancia para la conservación de las poblaciones regionales de estas especies. El área alberga poblaciones notables de varias especies migratorias, y en ella se da el límite de distribución latitudinal de otras dos especies (ver lista abajo). El valle constituye un corredor altitudinal, desde los 200 hasta los 3800 m snm, por el cual sospechamos que se mueven poblaciones de especies frugívoras siguiendo la estacionalidad de producción de frutos y temperatura. Igualmente hay poblaciones de especies insectívoras, como Myotis velífer y Eptesicus fuscus que forman colonias de reproducción a altitudes medias en la primavera/verano, y que probablemente invernan a altitudes mayores en la cuenca. Los remanentes de selvas medianas localizados en la parte más baja del valle mantienen comunidades de murciélagos frugívoros diversas para estas latitudes, que mediante la dispersión de semillas cumplen importantes servicios ecosistémicos en el mantenimiento de estas selvas. Es especialmente notable la presencia de poblaciones estacionales, densas y estables, de Centurio senex. Dado el gradiente altitudinal que comprende la cuenca, la diversidad total de especies es grande para la latitud a la que se encuentra el área.
El área comprende parte de la cuenca alta y media del Río de La Antigua. Dado el gradiente altitudinal implicado, la diversidad geológica y vegetal es muy grande. La parte alta se asienta sobre materiales de origen volcánico, y la parte más baja sobre terrenos calcáreos sobre los que se han depositado coladas eruptivas. En esta interfaz se han formado ríos subterráneos de aguas termales sulfurosas que crean sistemas cavernícolas donde se refugian murciélagos. La parte media de la cuenca se caracteriza por la presencia de profundos cañones excavados por los ríos, en cuyas laderas se forman acantilados, que ofrecen refugio a especies fisurícolas, como muchos molósidos, y en los abundan las cuevas de origen kárstico. Desde la parte más alta hasta la más baja encontramos comunidades vegetales de zacatonales de montaña, abetales, pinares, encinares, bosques mesófilos de montaña, selvas medianas, selva baja caducifolia, palmares, matorrales crasicaules, todo mezclados con parches de vegetación secundaria, y grandes áreas de cafetales de sombra, plantaciones de mango, y cultivos de maíz y caña. Es en las barrancas encañonadas donde se conservan remanentes de la vegetación de selva mediana que alguna vez debió predominar en la mayor parte del valle del río. Los bosques mesófilos de montaña son un elemento muy característico de la parta alta de la cuenca, donde existen grandes áreas que están relativamente bien conservadas en algunos puntos. La parte baja de la cuenca alberga algunas de las selvas bajas caducifolias mejor conservadas del estado de Veracruz, que se forman en esta zona debido a la sombra pluviométrica causada por las estribaciones del eje Neovolcánico que descienden hasta la costa un poco más al norte.
Ayuntamientos de Puente Nacional, Paso de Ovejas, Tlaltetela, Apazapan, Jalcomulco, Coatepec, Xalapa, Xico, y Perote. Secretaría de medio Ambiente del Gobierno del Estado. Ejidos de Cerro Colorado, Coetzalan, San Andrés Tlalnelhuayocan y Vega del Pixquiac.
La zona sufre de pérdida y modificación de los hábitats por expansión de áreas agrícolas y urbanización. Una de los refugios cavernícolas más importantes se halla en las inmediaciones de una planta cementera en expansión y está bajo riesgo. Otros se encuentran en la periferia de núcleos urbanos crecientes. Las actividades cementeras y cantereras para extracción de mármol y áridos son una amenaza muy grave para los refugios cavernícolas de la región, muchos de los cuales todavía se desconocen. Se requiere acción urgente para proteger los refugios más importantes. Es también de importancia dilucidar la relación entre refugios y los patrones de movimiento altitudinal de los murciélagos.
En el área existen unas pocas áreas de conservación, todas de muy pequeña extensión, a excepción del Parque Nacional del Cofre de Perote, la única de ámbito Federal, que únicamente protege las áreas de mayor altitud y con mayor pobreza de especies. Aún, la administración de este parque nacional no tiene capacidad de gestión y conservación operativa, y frecuentemente se dan casos de tala ilegal de árboles. Las demás áreas protegidas son de reducido tamaño y de carácter estatal, privado o ejidal, y se encuentran completamente separadas unas de otras.