El área constituye una zona compleja en cuanto a su geología, orografía, ecología e historia biogeográfica, lo cual le ha conferido una alta riqueza de especies en general, una marcada diversidad beta (recambio de especies), un alto número de especies endémicas. Así mismo, por los procesos de degradación de los ecosistemas naturales de la región, varias de las poblaciones, y su dinámica ecológica (marcadamente la migración altitudinal) pueden estar en riesgo en cuanto a su viabilidad local y regional. Adicionalmente, como parte de la dinámica geológica de la región, el área tiene uno de los sistemas kársticos más importantes del occidente de México, que alberga un alto número de cuevas, incluyendo el tercer pozo más profundo y una de las cuevas más largas del país. Algunas de estas cuevas son refugio de especies migratorias y sitios de apareamiento de grandes colonias de murciélagos.

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DESCRIPCIÓN GENERAL DEL ÁREA

Esta región se considera como la parte más norteña de la Sierra Madre del Sur, en el punto de confluencia entre esta, el Eje Neovolcánico Transversal y la Sierra Madre Occidental, lo que le confiere una posición biogeográfica única en la zona de transición marcada entre el Neártico y el Neotrópico. Destaca también por su amplio gradiente altitudinal, que va desde el nivel del mar hasta los casi 3,000 msnm. Uno de los valores principales del área, relacionado con esto, es la compleja dinámica de movimientos altitudinales estacionales, que están asociados a la dinámica reproductiva de muchas especies de murciélagos, en particular filostómidos. 

ACTORES INVOLUCRADOS

Dada la relevancia que tiene el área para la conservación de la biodiversidad y los recursos naturales, existe un importante conjunto de actores interesados en la realización de acciones de manejo, educación e investigación en el área propuesta; aunque casi ninguno de ellos está explícitamente interesado hasta ahora en la conservación de murciélagos, todos reconocen su importancia como integrantes de la biodiversidad regional y sus papeles ecológicos en estos ecosistemas. Es de destacar que algunos de estos actores tienen un historial de colaboraciones entre ellos de más de 10 o 15 años. 

• La Universidad de Guadalajara ha estado desarrollando trabajos vinculados con la conservación y el manejo de los recursos naturales de la región, así como la educación ambiental, desde 1984, inicialmente asociados a la creación de la Reserva de la Biosfera Sierra de Manantlán. Actualmente hay tres campus universitarios trabajando en el área (dos de ellos ubicados físicamente en la misma), y uno de ellos ha sido reconocido por la Universidad de las Naciones Unidas como un Centro Regional de Experiencias en Educación para la Conservación (el segundo en América Latina y primero en México).

• La Comisión Nacional de Áreas Naturales Protegidas tiene a su cargo la Dirección de dos áreas de nivel federal; una de ellas (Manantlán) desde 1994, y la otra (Sierra de Vallejo-Ameca) desde 2012.

• La Junta Intermunicipal para la Gestión Integral del Río Ayuquila (conocida como JIRA) maneja la cuenca que es buena parte del noreste de la AICOM, desde 2001. Este es un organismo público desconcentrado que tiene la función de apoyar técnicamente la gestión de la cuenca y sus recursos naturales a los 10 municipios que la conforman (cinco de ellos con territorio en la AICOM).

• A partir de la experiencia de la JIRA, en mayo de 2013 se constituyó la Junta Intermunicipal del Medio Ambiente de la Costa Sur (JICOSUR), donde participan seis municipios (cuatro con territorio en la parte sur y oeste de la AICOM).

• La Secretaría del Medio Ambiente y Desarrollo Territorial del Estado de Jalisco (SEMADET), conjuntamente con la Comisión Nacional Forestal (CONAFOR) y la Secretaría del Medio Ambiente y Recursos Naturales (SEMARNAT), desarrollan desde 2011 la Agenda para la Conservación de la Montaña de Puerto Vallarta, que incluye, entre otras acciones, el establecimiento de una nueva área natural protegida que abarcaría buena parte del norte de la AICOM.

• En el Estado de Colima, donde está la parte sur de la AICOM, los esfuerzos de conservación no han sido tan amplios. Como actores principales en Colima se encuentran la Dirección de Ecología del Estado, que ha participado activamente, junto con la Fundación Manantlán para la Biodiversidad de Occidente (MABIO), en la implementación de un esquema de pago de servicios ambientales de la zona metropolitana de Colima a los pobladores de Cerro Grande, para el mantenimiento de la producción de agua para la zona urbana.