Las islas Marías incluyen una especie migratoria, dos especies endémicas (potencialmente más, pero se requieren estudios) y una riqueza no muy elevada (8 especies), pero incluye todo el rango de distribución de una de las especies endémicas. La zona cumple con el primer criterio de especies endémicas.
Las Islas Marías constituyen un área de topografía accidentada cuyas altitudes varían de los 616 msnm. a los 640 msnm., presentando una amplia representatividad de ecosistemas, entre los que destacan el medio marino pelágico, las costas, los arrecifes, los manglares, las selvas bajas caducifolias y las selvas medianas subcaducifolias. De acuerdo con los estudios consultados, en las Islas Marías se han registrado 387 taxa de plantas vasculares, agrupadas en tres divisiones, dos clases, 77 familias y 252 géneros, incluyendo 11 taxa endémicos para las Islas Marías (CONANP, 2007 ).
Los actores involucrados en el manejo de la zona incluyen al gobierno federal después del decreto de Reserva de la Biósfera. Las poblaciones locales que incluyen a los marinos y sus familias, sobre todo por la presión antropogénica dirigida al hábitat (cultivos locales, especies exóticas, extracción de recursos). Además de organizaciones federales como los encargados de la Prisión Federal, Secretaría de Marina, etc.
El 27 de noviembre de 2000 declara como Área Natural Protegida, con el carácter de Reserva de la Biosfera, al archipiélago conocido como "Islas Marías" la cual está integrada por cuatro áreas, que de mayor a menor superficie son: Isla María Madre, Isla María Magdalena, Isla María Cleofás e Isla de San Juanito, así como de su respectivo territorio marino.
No se cuentan con planes activos de educación y existen pocos trabajos dedicados a la investigación, sobre todo por la restricción al paso de gente civil por el carácter de Colonia Penal Federal con la que cuenta parte de la región.
Las islas cuentan con otras especies de plantas y vertebrados endémicos, pero la principal amenaza a la zona son la introducción de especies exóticas como ratas, perros, chivos, gatos, etc.
Lasiurus cinereus
Myotis findleyi
Rhogueessa parvula