La Cuenca del Río Mezquital-San Pedro biseca completamente la Sierra Madre Occidental (SMO) de este a oeste, creando un corredor continuo entre las regiones semiáridas y áridas de la Mesa del Norte y los bosques bajos caducifolios de la planicie costera del Pacífico. La Sierra separa las faunas de afinidades tropicales de las de afinidades templadas de la Mesa del Norte y de las partes altas de la Sierra, de modo que en esta cuenca coexisten elementos de todos estos biomas. Hasta el momento se han documentado 87 especies de mamíferos, de las cuales 50 son murciélagos. Se propone como AICOM por presentar una alta riqueza de especies, muchas de las cuales se encuentran en su límite de distribución (criterio 3). La zona incluye parte de un área protegida (La reserva de la Biosfera La Michilía) y de las regiones terrestres prioritarias 57 (Guacamayita) y 61 (Marismas Nacionales) de CONABIO (Arriaga et al. 2000).
En el fondo de la cuenca, su parte más norteña (como se define en este polígono) está cubierta por lo menos en parte de matorrales xerófilos de varios tipos. Estos matorrales son similares a lo que se espera encontrar en zonas áridas de la Mesa del Norte. Sin embargo, a ellos se agregan algunas especies de bosque tropical caducifolio (seco), típicas de la vertiente del Pacífico, produciendo asociaciones únicas del área denominadas matorrales subtropicales (González-Elizondo et al. 2007). Hacia la parte central en el fondo de la cuenca aparecen bosques tropicales caducifolios de altura y cobertura variable. Este tipo de vegetación pierde la totalidad de sus hojas la mayor parte del año, con un periodo verde después de la época de lluvias. La precipitación varía entre 750 y 1200 mm al año (González-Elizondo et al. 2007). Las partes más bajas y sureñas están cubiertas de un bosque mucho más húmedo (Bosque tropical subcaducifolio), en el cual algunas especies conservan sus hojas todo el año. Cerca de la planicie costera se halla una selva mediana perennifolia. Este bosque permanece verde todo el año y alberga especies tropicales afines a las que pueden encontrarse en bosques húmedos del sureste mexicano. Así, aunque la mayor parte de la planicie costera del Pacífico de Sinaloa y Nayarit están cubiertas con bosques espinosos y caducifolios, la desembocadura del río San Pedro está cubierta por este parche de selva húmeda que se extiende aproximadamente hasta Escuinapa, Sinaloa hacia el norte, y por lo menos hasta Tepic Nayarit por el sur. El río desemboca en las Marismas Nacionales en Nayarit. Las paredes y partes altas (en elevación sobre el nivel del mar) de la cuenca están cubiertas por bosques de pino, pino encino o encino. Todos estos biomas se hallan altamente modificados como resultado de las actividades forestal y ganadera, principalmente (Rzedowski, 2006).
La cuenca incluye parte de los estados de Nayarit y Durango, por lo que administrativamente competería a los dos estados. En el área habitan los grupos Cora, Huichol, Tepehuano y Mexicanero. En los últimos 10 años, WWF ha tenido una presencia importante en la cuenca debido a que es uno de los tres ríos que drenan hacia las Marismas Nacionales, de alto interés para la conservación, y porque la cuenca es la única de la vertiente del Pacífico que no está represada en ninguna parte de su cauce. Se presenta conflicto con la Comisión Federal de Electricidad, la cual tiene un proyecto de construcción de una presa hidroeléctrica en el Río San Pedro.
No existe ningún tipo de gestión del área. Se han desarrollado actividades de investigación desde 2007 a la fecha a cargo de investigadores de varias áreas del CIIDIR Durango, IPN. Se realizó un inventario de mamíferos entre 2009-2011 (CONABIO GT015), cuyos resultados han sido parcialmente publicados.
Tadarida brasilensis
Choeronycteris mexicana
Leptonycteris nivalis
Leptonycteris yerbabuenae
Artibeus hirsutus
Corynorhinus mexicanus
Euderma maculatum
Lasiurus blossevillii
Lasiurus cinereus
Myotis nigricans carteri
Rhogueessa parvula