El área contiene una alta riqueza de especies y alberga especies de interés de conservación nacional o regional. Esta región alberga cerca de 86 especies de murciélagos y es la segunda región con el mayor remanente de bosque tropical perennifolio y subperennifolio en Chiapas y Veracruz. Doce de las especies de murciélagos de la Selva Zoque se encuentran enlistadas en alguna categoría de riesgo, once siendo amenazadas y una en peligro de extinción (Vampyrum spectrum) por la NOM-059-SEMARNAT-2010 (Diario Oficial de la Federación, 2010). En la región se encuentran diversos sitios de refugio kárstico, particularmente en la región de El Ocote se encuentran varias cuevas que son refugios de murciélagos; a lo largo de las paredes del “Cañón de La Venta” se encuentran cuevas que albergan a murciélagos mormópidos, embalonúridos y filostómidos.
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El macizo forestal de la Selva Zoque se encuentra en un área donde conluyen El Ocote, Chiapas; la Selva de Uxpanapa en Veracruz y la de los Chimalapas en Oaxaca. El Fondo Mundial para la Vida Silvestre (WWF) considera a la zona como parte de una de las áreas prioritarias para la conservación al nivel global, debido a la riqueza en especies de flora y fauna. Adicionalmente, el Fondo de la Alianza para los Ecosistemas Críticos (CEPF por sus siglas en inglés: Critical Ecosystems Partnership Fund), una de las más recientes e importantes iniciativas que ha establecido las prioridades de conservación al nivel global, ha reconocido e identificado a esta región como uno de los 200 Hotspots más importantes al nivel global y la número uno en sus prioridades para Mesoamérica norte (Conservation International, 2009). De la misma manera, la biorregión, ha sido catalogada por la Alianza para la Extinción Cero (AZE) (con base en la Evaluación de Recursos Forestales Globales de la FAO [2005]) como un Hotspot de biodiversidad mundial y el más importante de Mesoamérica.
Actualmente los factores antrópicos siguen teniendo una fuerte presión sobre la región, siendo el aumento de la frontera ganadera y agrícola una de las mayores fuerzas de cambio para la zona. Esto ocasiona una rápida disminución de las áreas boscosas remanentes que quedan reducidas a fragmentos, los cuales están limitados a pendientes muy pronunciadas y suelos calizos, y el paisaje está dominado por pastizales de uso ganadero, agricultura de autoconsumo, así como plantaciones de hule (Hevea brasilensis) y cítricos (Citrus spp.). Con este escenario, se debe desarrollar un enfoque holístico de conservación, el cual considere como parte importante los paisajes antropizados, tanto en uso como abandonados, para lo cual es necesario generar conocimiento sobre las funciones que realizan los diferentes elementos del paisaje, que permiten el mantenimiento de la biodiversidad regional y soportar especies amenazadas y emblemáticas para la zona tales como: jaguar, tapir, primates, murciélagos y aves.
Entre los actores actuales y potenciales se encuentran: Comisión Nacional de Áreas Naturales Protegidas (CONANP), Secretaría de Medio Ambiente e Historia Natural (SEMAHN), Universidad de Ciencias y Artes de Chiapas (UNICACH), El Colegio de la Frontera Sur (ECOSUR), PRONATURA, WWF, Tierra Verde Naturaleza y Cultura, A. C. y los Ayuntamientos.
En el estado de Veracruz, la zona de la selva Zoque se encuentra protegida a nivel ejidal, pero la presión por cacería y establecimiento de nuevas poblaciones es alta. En la parte chiapaneca, el área se encuentra en la Reserva de la Biosfera Selva El Ocote, con un esquema de manejo a cargo de la CONANP. Con anterioridad la SEMAHN ha realizado proyectos de investigación en el área protegida. Entre las actividades previstas se encuentran la protección del área, actividades de investigación y educación ambiental a cargo de diferentes actores. En Oaxaca, varias poblaciones protegen los relictos de selva, entre los que se encuentran Santa María Chimalapa y San Miguel Chimalapa, congregación de la Fortaleza y San Francisco La Paz, ejidos La Esmeralda, y El Porvenir.
Mapa del AICOM "Selva Zoque" localizada entre los estados de Veracruz, Oaxaca y Chiapas, México.
FAMILIA EMBALLONURIDAE
FAMILIA PHYLLOSTOMIDAE
Subfamilia Phyllostominae
Subfamilia Glossophaginae
Subfamilia Desmodontinae
Subfamilia Carolliinae
Subfamilia Stenodermatinae
FAMILIA MORMOOPIDAE
FAMILIA NOCTILIONIDAE
FAMILIA THYROPTERIDAE
FAMILIA NATALIDAE
FAMILIA MOLOSSIDAE
FAMILIA VESPERTILIONIDAE
* Especies con límite de distribución en la AICOM.